martes, 15 de marzo de 2011

Condiciones iniciales

El conocimiento de las condiciones iniciales es de extremada importancia para el estudio del origen de la vida. Para ello se emplea la teoría geoquímica en el estudio de las rocas antiguas y se efectúan simulaciones de laboratorio y por medio de ordenadores (experimentos que se denominan in silico). Uno de los puntos centrales es determinar la disponibilidad de elementos y moléculas esenciales, en especial metales, puesto que son indispensables como cofactores en la bioquímica actual, así como su estado redox en las distintas localizaciones. Asimismo, es esencial datar las primeras manifestaciones de la vida para aproximar el lapso de tiempo en el que estamos buscando. Según las evidencias actuales, aunque están sujetas a controversia, la vida debió aparecer tras el enfriamiento del planeta que siguió al bombardeo intenso tardío, hace unos 4.000 millones de años. Aunque todos los seres vivos actuales parecen provenir de un único organismo ancestral, en este apartado cabe preguntarse si hubo varias apariciones «fortuitas» de formas de vida tras las que sólo sobrevivió una, o si bien esas formas de vida aún sobreviven porque no sabemos buscarlas, tal vez en ambientes extremos como en las profundidades de la corteza continental o en el manto.

Darwin

En una carta a Joseph Dalton Hokeer del 1 de febrero de 1871. Charles Darwin escribió:
«Se dice a menudo que hoy en día están presentes todas las condiciones para la producción de un organismo vivo, y que pudieron haber estado siempre presentes. Pero si pudiéramos concebir que en algún charquito cálido, encontrando presentes toda suerte de sales fosfóricas y de amoni, luz, calor, electricidad, etc., que un compuesto proteico se formara por medios químicos listo para sufrir cambios aún más complejos, a día de hoy ese tipo de materia sería instantáneamente devorado o absorbido, lo que no hubiera sido el caso antes de que los seres vivos aparecieran.»
En otras palabras, la presencia de la vida misma hace la búsqueda del origen de la vida dependiente de las condiciones de esterilidad que se dan en el laboratorio. Más precisamente, el oxigeno producido por las diferentes formas de vida es muy activo a escala molecular, lo cual perjudica a cualquier intento de formación de vida.

El mundo de los ARN

Recientemente el equipo de J. Doudna y J. Szostak observó que entre las reacciones catalizadas por el ARN figuraba su propia duplicación. De modo que el ARN sería capaz de copiarse a sí mismo utilizando sólo componentes pertenecientes a su propia estructura. Como un polímero con capacidad de reproducción puede ser ubicado en el límite entre los organismos vivos y la materia inanimada, muchos investigadores llegaron a pensar que la vida en la Tierra se había iniciado a partir de ARN o de estructuras muy semejantes a él.
Por su parte, el equipo de Sidney Altman realizó otro descubrimiento importante en la Universidad de Yale. Comprobó que una enzima de la bacteria Escherichia coli, la ARNasa P, que participa en el procesamiento del ARN, está constituida por dos componentes: uno proteico y otro formado por ARN. El grupo de Altman verificó que ambos componentes debían estar presentes para que la ARNasa P expresara su actividad catalítica.
A su vez, en el Instituto Salk de San Diego, California, el grupo del bioquímico Leslie Orgel comprobó que determinados tipos de ARN (los polirribonucleótidos, constituidos por una sucesión de ribonucleótidos idénticos) son capaces de servir de molde para la oligomerización (síntesis de cadenas cortas constituidas por ribonucleótidos) en ausencia de enzimas de ribonucleótidos activados. Por ejemplo, estos investigadores demostraron que el polirribonucleótido policitosina puede servir de molde para la polimerización de la riboguanosina activada.
Un argumento adicional a favor del ARN es que todos los componentes que participan de la síntesis química del ARN ya han sido obtenidos en el laboratorio en condiciones que simulan el ambiente primitivo de la Tierra, mientras que a pesar de los esfuerzos realizados, no ha sido aún posible sintetizar en las mismas condiciones a la desoxirribosa, el azúcar componente estructural del ADN.
Frente a estos hallazgos parecía haberse resuelto el problema de "el huevo o la gallina" que perturbaba a los científicos. Si los ARN presentaran la adecuada actividad catalítica, o sea si pudieran funcionar como enzimas, ellos serían los polímeros capaces de desempeñar la función de enzimas primitivas y de duplicarse en ausencia de enzimas proteicas. La conclusión lógica era, entonces, que el ARN había aparecido en la Tierra antes que las proteínas. Las evidencias a favor del ARN resultaban tan contundentes que llevaron en 1986 a Walter Gilbert, de la Universidad de Harvard, a especular sobre la existencia de una fase evolutiva en la que los ambientes acuáticos de nuestro planeta habrían estado poblados por moléculas de ARN con las más variadas secuencias: era el "mundo de los ARN".
 Según este modelo, los ARN serían capaces de autorreplicación y podrían poseer mecanismos de autoeliminación y autoinserción de secuencias. Sería así posible la aparición de una inmensa variedad de ellos, tanto por mecanismos de recombinación (véase la figura 2) como por errores en su duplicación. En el "mundo de los ARN" estos polímeros desempeñarían al mismo tiempo el papel de fenotipo y de genotipo.
El fenotipo es la expresión física de la información guardada en el mensaje genético o genotipo.
Gilbert propuso también que, en una etapa ulterior de la evolución, los ARN habrían comenzado a sintetizar proteínas a partir de aminoácidos activados (como los aminoacil-adenilatos utilizados por los organismos contemporáneos para la síntesis de proteínas) y que con el transcurrir del tiempo esas proteínas habrían adquirido una mayor capacidad catalítica que la del ARN. En una etapa ulterior la función de almacenar la información genética habría sido transferida del ARN al ADN mediante un proceso aún no esclarecido.
El modelo del "mundo de los ARN" parecía perfecto hasta que, a fines de los años '80, los científicos volvieron a tener dudas en relación con la hipótesis de que el ARN habría sido la primera estructura autorreplicable del planeta. La crítica fue formalizada principalmente por Robert Shapiro de la Universidad de Nueva York y por Gerald F.

El polímero primordial

En 1951, una nueva hipótesis sobre el origen de la vida fue propuesta, con escaso eco en la comunidad científica, por el físico inglés John Bernal. Según esta teoría, una entidad molecular podría definirse como viva si poseyera dos propiedades: capacidad de acumular información genética y capacidad de producir copias de su propia estructura. El metabolismo de este primer ser vivo —el "polímero primordial"— consistiría únicamente en esa capacidad de generar, autocatalíticamente, copias de sí mismo. (Un polímero es una molécula formada por la unión de muchas moléculas más pequeñas llamadas monómeros.) Los errores producidos durante la autoduplicación podrían dar lugar a variedades con mayor resistencia a la destrucción o con mayor capacidad de reproducción y la selección natural —a nivel molecular— favorecería a estas variedades por su capacidad de adaptarse mejor al ambiente. Asi, la hipótesis de Bernal predecía la aparición de vida en forma de "polímeros autorreplicables", que habrían surgido antes de la aparición de microorganismos separados del medio externo por una membrana. ¿Cuáles podrían ser estos polímeros? Los candidatos naturales eran las proteínas (cadenas de moléculas pequeñas, los aminoácidos, ordenados en una secuencia determinada) o los ácidos nucleicos, el ARN y el ADN 



Sin embargo, es difícil asignarle a cualquiera de ellos la función de polímero primordial. Las proteínas actúan como excelentes catalizadores, pero son incapaces de acumular información genética, ya que una proteína no puede guardar la información necesaria para la síntesis de otra. Por su parte los ácidos nucleicos (ARN y ADN) almacenan información genética, pero necesitan para duplicarse de enzimas, vale decir de proteínas con actividad catalítica. Entonces, ¿cuál de estos polímeros habría surgido primero en el planeta, los ácidos nucleicos o las proteínas? Hasta el comienzo de la década del '80 este problema (del tipo "el huevo y la gallina") no parecía tener solución. En los últimos años, sin embargo, una serie de evidencias parecieron indicar que el polímero primordial autorreplicable podría ser un ácido nucleico, más específicamente un ácido ribonucleico (ARN) y no una proteína.
Debe señalarse que el grupo del biofísico Sidney Fox, de Florida, EE.UU., cree aún ahora que las proteínas (o ciertas estructuras parecidas a ellas a las que llaman "polímeros proteinoides") podrían haber sido los polímeros primordiales. Sin embargo, este grupo ha intentado en vano probar su hipótesis estudiando, desde mediados de la década del '50, los mecanismos de polimerización de aminoácidos a altas temperaturas en medios similares al ambiente volcánico de la Tierra primitiva. Fox ha observado que, en estas condiciones, mezclas que contienen igual número de moléculas de cada uno de más de 15 aminoácidos diferentes generan una gran cantidad de polímeros proteinoides en los que se observa el predominio de algunos tipos de aminoácidos sobre el resto, índice de que la polimerización no se produce totalmente al azar. Estos experimentos, si bien fueron importantes porque los proteinoides así obtenidos tenían capacidad catalítica, han sido insuficientes hasta ahora: a pesar de que la polimerización térmica no ocurre totalmente al azar, el principio de orden que esto implica es insuficiente para conferir a los proteinoides mecanismos eficientes de acumulación y transmisión de la información genética. Por lo tanto, ya que no pueden reproducirse eficazmente, las proteínas no tienen ninguna posibilidad de constituirse en los polímeros primordiales.
En lo que se refiere al ADN, los problemas son diferentes. Como el ARN, el ADN también requiere de proteinas para autoduplicarse, de modo que en el ambiente primitivo de la Tierra, los hipotéticos ADN primordiales no podrían haber servido de molde para ser copiados sin el auxilio de enzimas. Además, los desoxirribonucleótidos (las unidades que al unirse entre sí constituyen el ADN) son producidos por los seres vivos actuales a partir de los ribonucleótidos (las unidades que al unirse entre sí constituyen el ARN), lo que indica que el ADN debe haber aparecido mucho más recientemente que el ARN en el curso de la historia evolutiva de la Tierra. Por otra parte, el ADN es más resistente que el ARN a la descomposición por hidrólisis (en el caso del ADN la hidrólisis es la separación de los desoxirribonucleótidos que lo constituyen por incorporación de agua) y esto haría más difícil el reciclaje de monómeros (desoxirribonucleótidos) a partir de los polímeros descartados por la selección natural. Los hechos enunciados sugieren que resulta poco probable que haya ocurrido una colonización del ambiente acuático primordial de la Tierra a través de moléculas autorreplicables de ADN.
Una vez que se hubo excluido a las proteínas y al ADN, se pasó a explorar la posibilidad de que el polímero primordial fuera el ARN. Los trabajos que iniciaron en los años '70 los grupos liderados por los científicos estadounidenses Thomas Cech y Sidney Altman, quienes fueron laureados por ello con el Premio Nobel en 1989, ampliaron las fronteras de la química del ARN y modificaron profundamente los conocimientos científicos acerca del origen de la vida. Cech y sus colegas verificaron, en la Universidad de Colorado, que determinadas secuencias del ARN de ciertas bacterias eran capaces de acelerar la velocidad de algunas reacciones. En otras palabras, descubrieron que el ARN podía comportarse como una enzima. Cech llegó a bautizar a su ARN con el nombre de "ribozima", es decir una enzima constituida por ácido ribonucleico.
En 1981, Cech publicó en la revista Cell la demostración de que determinada secuencia de ribonucleótidos de una forma de ARN ribosomal llamado 26S podía ser separada, en el protozoario Tetrahymena termophila, del resto de la molécula. Este tipo de proceso es conocido por los científicos como splicing del ARN. Los autores utilizaron ARN ribosomal purificado y observaron que el splicing ocurría tanto en presencia de un extracto del núcleo del protozoario, que contiene las enzimas responsables de la catálisis del splicing, como en ausencia de ese extracto y por lo tanto de estas enzimas (véase la revista Cell, volumen 27, 1981, págs. 487-499).

El origen de la vida.

La cuestión del origen de la vida ha constituido desde hace mucho tiempo un desafío para la imaginación, pero puesto que no disponemos de una "máquina del tiempo" como la utilizada por el personaje de la novela de H. G. Wells, los intentos de reconstruir la génesis de la vida en el ambiente de la Tierra primitiva tienen mucho de temerario. Esto es así sobre todo porque no existen fósiles de los primeros seres vivos que colonizaron nuestro planeta. Los microfósiles más antiguos tienen tres mil seiscientos millones de años (3,6 eones). Sin embargo, los científicos han obtenido pruebas geológicas indirectas según las cuales la capacidad de fijar anhídrido carbónico, que es expresión de la existencia de seres vivos capaces de realizar fotosíntesis (es decir, de aprovechar la energía de la radiación solar para formar los compuestos necesarios para su supervivencia), apareció hace 3,8 eones.
La formación de la Tierra tuvo lugar hace 4,6 eones, pero su superficie se habría tornado menos inhóspita para la acumulación de compuestos orgánicos hace entre 4,2 y 4 eones. De manera tal que la vida, en su forma más primitiva, podría haber necesitado para surgir incluso menos de 0,4 eones, un tiempo muy breve en términos del calendario geológico. En ese exiguo espacio de tiempo, que nos lleva hasta los 3,8 eones antes mencionados, habría tenido lugar una serie encadenada de eventos bioquímicos capaces de conducir hasta la generación de aquellos primeros organismos con capacidad fotosintética.
La primera hipótesis consistente acerca de los procesos químicos que habrían dado origen a la vida fue la formulada por el bioquímico ruso Alexander I. Oparin. La traducción al inglés de su libro sobre el tema apareció en 1938 con el título de The Origin of Life y causó gran impacto. En esta obra se revisaban y ampliaban hipótesis que Oparin originalmente había publicado en una revista rusa poco conocida, la Proiskhjozdenic Zhizny. Este científico proponía que, después de la formación de la atmósfera primitiva de la Tierra, se había producido una serie de eventos químicos que aumentaron la complejidad de las moléculas existentes, determinando que moléculas primitivas se transformaran en estructuras coloidales llamadas "coacervados" de los que habría surgido una nueva organización de la materia: la vida. (Los coloides son suspensiones de partículas cuyo diámetro puede variar desde una milésima hasta diez millonésimas de milímetro. La asociación de estas partículas entre sí y con parte del solvente forma minúsculas gotas llamadas coacervados.) Según Oparin, este largo proceso de generación espontánea de la vida podría (y debería) ser reproducido en el laboratorio.
Esta hipótesis chocaba, sin embargo, con un obstáculo difícil de superar. En efecto, si bien era probable que se hubieran formado estructuras coloidales análogas a los coacervados, las cuales podrían haber estado constituidas por la asociación de macromoléculas, tal vez de estructura proteica y con capacidad de acelerar determinadas reacciones químicas sin sufrir por ello cambios permanentes (capacidad catalítica), resultaba muy difícil de explicar cómo habrían desarrollado esas estructuras un código genético. Por ello, la hipótesis de los coacervados fue paulatinamente abandonada, aunque la filosofía de Oparin sobre la evolución química todavía sirve de base para todos los estudios sobre el origen de la vida.